Der Landesrechnungshof kümmert sich auch um die Umsetzung der Empfehlungen, die der NÖ Landtag mit der Kenntnisnahme des Berichts beschließt. Daher berichtet der Landesrechnungshof regelmäßig über seine Nachkontrollen, die zeigen, was er bewirkt hat. Nach etwa zwei Jahren sind rund 80 Prozent der Empfehlungen umgesetzt, wobei die Umsetzung zwischen 50 und 95 Prozent liegt.

Die Nachkontrolle zum Bericht 3/2011 „Biosphärenpark Wienerwald Management GmbH und Aufwendungen des Landes NÖ" führten der Landesrechnungshof und der Stadtrechnungshof Wien gemeinsam durch, weil die Geschäftstätigkeit der Gesellschaft von den Ländern Niederösterreich und Wien mit jährlich 800.000 Euro, finanziert wird. Zudem bezog die Gesellschaft für Projekte über eine Millionen Euro insbesondere aus dem EU-Förderprogramm „Entwicklung für den Ländlichen Raum, 2007-2013". Diese gemeinsame Prüfung der beiden Rechnungshöfe sicherte eine einheitliche Berichterstattung an den NÖ Landtag und den Wiener Gemeinderat. Den ausgesprochenen Empfehlungen wurde zu 76 Prozent entsprochen. Die Gesellschaft verbesserte damit ihren Betrieb sowie ihre Verwaltung und stellte Veranstaltungen mit einem negativen Kosten-Nutzen-Verhältnis ein. Die angeregte Anpassung der Vereinbarung nach Artikel 15a B-VG sowie die Evaluierung der Betriebskosten als Basis für eine Erhöhung der finanziellen Beiträge der Länder erfolgten nicht.

Die Nachkontrolle zum Bericht 6/2011 „NÖ-Haus Krems, Projektentwicklung" ergab, dass den Empfehlungen zu 62 Prozent entsprochen wurde. Dabei konnten finanzielle Entlastungen durch die Berücksichtigung der Skonti (0,68 Millionen Euro) und die Beteiligung der Wirtschaftskammer NÖ erreicht sowie Mieten von über 21.000 Euro jährlich eingenommen werden. Weitere 24 Reserveplätze sollten ebenfalls bewirtschaftet und die Kostenreserven von fünf Millionen Euro aufgelöst werden.