Mit den Berichten über die gemeinnützigen Gesellschaften Fachhochschule Wiener Neustadt für Wirtschaft und Technik GmbH (kurz FH Wiener Neustadt) und Psychosomatisches Zentrum Eggenburg GmbH schloss der Landesrechnungshof den am 12. April 2012 im NÖ Rechnungshofausschuss einstimmig beschlossenen Prüfauftrag ab. Dieser umfasste Prüfungen bei Unternehmungen, an denen das Land NÖ mit mindestens 50 Prozent des Stamm-, Grund- oder Eigenkapitals beteiligt ist und bei denen eine Beteiligung des Landes NÖ von weniger als 50 Prozent vorliegt, die jedoch durch finanzielle oder sonstige wirtschaftliche oder organisatorische Maßnahmen tatsächlich beherrscht werden.
An der FH Wiener Neustadt, die zu den führenden Fachhochschulen Österreichs zählte, war das Land NÖ nur mit 26 Prozent beteiligt. Aufgrund des Gesellschaftervertrags konnten die Vertreter des Landes NÖ in der Gesellschafterversammlung bzw. im Aufsichtsrat auf die Umsetzung der Empfehlungen des Landesrechnungshofs hinwirken. Diese betrafen vor allem die Organisationsentwicklung, das Qualitäts- und Kontrollsystem, die mittelfristige Investitions- und Finanzplanung (auch in Bezug auf die Beteiligungen. Die Erträge der FH Wiener Neustadt – 2010/2011 rund 28 Millionen Euro – stammten vor allem aus der Bundes- und Landesförderung sowie aus Studiengebühren. Da Studienplätze frei blieben, konnte im Studienjahr 2011/2012 ein Fördervolumen von über einer Million Euro nicht ausgeschöpft werden.
An der Psychosomatisches Zentrum Eggenburg GmbH hielt das Land NÖ hingegen 51 Prozent. Die Gesellschaft führte das Psychosomatische Zentrum mit 100 ausgelasteten Betten im Rahmen einer Dienstleistungskonzession. Das Land NÖ finanzierte die Errichtung durch Investitionsbeiträge und den Betrieb des Psychosomatischen Zentrums durch Tagsätze, welche die Betriebs- und Finanzierungskosten der Gesellschaft abdeckten. Nach der Insolvenz eines privaten Partners und Vertragsänderungen sollte das – im Jahr 2003 entwickelte – Dienstleistungskonzessionsmodell grundsätzlich überdacht und dabei eine Übernahme des Zentrums durch die NÖ Landeskliniken-Holding erwogen werden. Damit könnte das Managemententgelt von bis zu 300.000,00 Euro jährlich eingespart werden.